ส่วนจัดการต้นน้ำ มีหน้าที่ ดังนี้
1
กำนดแผนปฏิบััติการและและประสานการจัดทำแผน  ด้านการจัดการต้นน้ำ  ระหว่างหน่วยงานส่วนกลาง กับหน่วยปฏิบัติในพื้นที่
2
ควบคุม   ติดตามประเมินผลการดำเนินงานและประสาน   เพื่อส่งเสริมสนับสนุนงานบริหารของหน่วยจัดการต้นน้ำในพื้นที่รับผิดชอบ  จำนวน  5  หน่วย
3
กำหนดมาตรการและแนวทาง ในการจัดระเบียบชุมชนบนพื้นที่ต้นน้ำ  พัฒนาคุณภาพชีวิตของชุมชนอย่างยั่งยืน และการมีส่วนร่วมของชุมชน
4
ปฏิบัติงานร่วมกัน หรือสันบสนุนในการปฏิบัติงานร่วมกับหน่วยงานอื่นที่เกี่ยวข้อง หรือที่ได้รับมอบหมาย
ส่วนจัดการต้นน้ำ  แบ่งหน้า้ที่ความรับผิดชอบ  ดังนี้
1
ฝ่ายแผนปฏิบัติการและบริหารทั่วไป
2
ฝ่ายจัดการทรัพยากรต้นน้ำ
3
ฝ่ายส่งเสริมและพัฒนาชุมชนต้นน้ำ